Prezydium Naczelnej Rady Lekarskiej stanowią Prezes oraz wybrani przez Radę spośród jej członków wiceprezesi, sekretarz, skarbnik i członkowie Prezydium. Co najmniej jeden z wiceprezesów jest lekarzem dentystą. Do Prezydium Naczelnej Rady Lekarskiej może być wybrany wyłącznie członek Naczelnej Rady Lekarskiej niebędący prezesem okręgowej rady lekarskiej. Prezydium Naczelnej Rady Lekarskiej działa w imieniu Rady w sprawach określonych uchwałą Rady, z wyłączeniem zadań określonych w art. 39 ust. 1 pkt 9-11, 14 i 19 ustawy z dnia 2 grudnia 2009 r. o izbach lekarskich. Naczelna Rada Lekarska może, w drodze uchwały, upoważnić Prezydium do podejmowania uchwał w sprawach lekarzy, do których na podstawie ustawy z dnia 5 grudnia 1996 r. o zawodach lekarza i lekarza dentysty stosuje się przepisy ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. - Kodeks postępowania administracyjnego, odnoszące się do decyzji administracyjnych.