Naczelny Sąd Lekarski jest jednym z organów Naczelnej Izby Lekarskiej powołanym ustawą o izbach lekarskich, którego reprezentowanie na zewnątrz i kierowanie pracą powierzone jest Przewodniczącemu Sądu, wybranemu spośród jego członków.

Obecnie postępowanie w przedmiocie odpowiedzialności zawodowej lekarzy regulowane jest przepisami ustawy z dnia 2 grudnia 2009 r. o izbach lekarskich (Dz. U. Nr 219, poz. 1708). Zasady działania Naczelnego Sądu Lekarskiego oparte są również na regulaminie wewnętrznego urzędowania sądów lekarskich, który określa wewnętrzną organizację i porządek funkcjonowania okręgowych sądów lekarskich i Naczelnego Sądu Lekarskiego, powołanych na podstawie cyt. ustawy. Jedynie w zakresie wprost nie unormowanym w tejże ustawie działanie sądów lekarskich opiera się w odpowiednio stosowanych przepisach kodeksu postępowania karnego (na podstawie odesłania zawartego w ramach art. 112 pkt 1 ustawy o izbach lekarskich).

Na podstawie w/wym. ustawy Naczelny Sąd Lekarski rozpoznaje sprawy z zakresu odpowiedzialności zawodowej lekarzy jako organ odwoławczy, a w tym rozpatruje:

- odwołania od orzeczeń okręgowych sądów lekarskich;

- zażalenia w przypadkach przewidzianych w ustawie;

- zażalenia na postanowienie, o którym mowa w art. 77 ust. 1 ustawy (postanowienie o tymczasowym zawieszeniu prawa wykonywania zawodu, albo o ograniczeniu zakresu czynności w wykonywaniu zawodu lekarza);

- protesty przeciwko ważności wyborów do organów i w organach izb lekarskich (z zastrzeżeniem art. 30 okręgowy sąd lekarski ust. 2 pkt 2), oraz protesty przeciwko ważności głosowania wniosków o odwołanie.

- orzeka o wznowieniu postępowania w przedmiocie odpowiedzialności zawodowej lekarzy w sprawach zakończonych prawomocnym orzeczeniem Naczelnego Sądu Lekarskiego.

Ponadto, mając na względzie zasadę dwuinstancyjności, podkreślić należy, iż Naczelny Sąd Lekarski w świetle prawnych uregulowań pełni rolę Sądu Odwoławczego, rozpoznającego środki odwoławcze złożone od nieprawomocnych orzeczeń i postanowień wydanych w toku postępowań Sądów I instancji – czyli Okręgowych Sądów Lekarskich oraz Sądu Lekarskiego Wojskowej Izby Lekarskiej.

Kary orzekane przez Sądy Lekarskie.

Na podstawie art. 83 ust. 1 Sąd lekarski może orzekać następujące kary:

1) upomnienie;

2) nagana;

3) kara pieniężna;

4) zakaz pełnienia funkcji kierowniczych w jednostkach organizacyjnych ochrony zdrowia na okres    od roku do pięciu lat;

5) ograniczenie zakresu czynności w wykonywaniu zawodu lekarza na okres sześciu miesięcy do dwóch lat;

6) zawieszenie prawa wykonywania zawodu na okres od roku do pięciu lat;

7) pozbawienie prawa wykonywania zawodu.

Art. 83 ust. 2 wskazuje, iż sąd lekarski w przypadku orzeczenia kary przewidzianej w ust. 1 pkt 5 lub 6, może dodatkowo orzec karę wymieniona w ust. 1 pkt 4.

Zgodnie z art. 84 ustawy o izbach lekarskich w przypadku orzeczenia kary przewidzianej w art. 83   ust. 1 pkt  4-7, sad lekarski może zarządzić opublikowanie orzeczenia w biuletynie okręgowej izby lekarskiej, której obwiniony jest członkiem.

Dodać należy, iż w myśl przepisu art. 85 cyt. ustawy kara pieniężna orzekana jest na cel społeczny związany z ochrona zdrowia w wysokości od jednej trzeciej do czterokrotnego przeciętnego miesięcznego wynagrodzenia w sektorze przedsiębiorstw bez wypłat  nagród z zysku, ogłoszonego przez Prezesa Głównego Urzędu Statystycznego, obowiązującego w chwili wdania orzeczenia     w pierwszej instancji. Karę pieniężną orzeka się samoistnie albo obok kar wymienionych w art. 83 ust. 1 pkt 4-6 ustawy.

Wskazać dodatkowo należy, iż Przewodniczący Naczelnego Sądu Lekarski corocznie przedstawia Naczelnej Radzie Lekarskiej informację o swojej działalności, a także składa Krajowemu Zjazdowi Lekarzy kadencyjne sprawozdania z działalności. Przewodniczącemu Naczelnego Sądu Lekarskiego przysługuje prawo do udziału w posiedzeniach Naczelnej Rady Lekarskiej i jej Prezydium z głosem doradczym.